Caso di studio TGen

L'epidemia del 2020 della pandemia COVID-19 (SARS-CoV-2) ha unito il mondo in una lotta comune, in prima linea ci sono operatori sanitari, ricercatori e scienziati. In qualità di organizzazione dedicata a "condurre ricerche innovative con risultati che cambiano la vita", il Translational Genomics Research Institute (TGen), affiliato di City of Hope, fa parte della comunità medica globale che cerca attivamente modi per trattare ed eliminare COVID- 19.

TGen è un istituto di ricerca con sede in Arizona che conduce ricerche su numerose malattie umane e forme di cancro dal 2002. Per aiutare la lotta globale contro COVID-19, TGen sta lavorando per sviluppare un set di dati centralizzato e aggregato che può estrarre automaticamente COVID- 19 genomi sequenziati e altri dati correlati da più fonti. Questo set di dati può aiutare a migliorare la ricerca, l'analisi dei dati e aumentare la comprensione del genoma virale.

SFIDE

  • Mancanza di un archivio dati condiviso del genoma della SARS CoV-2 e dei relativi metadati
  • Processi di analisi dei dati che richiedono tempo
  • Difficoltà nella condivisione delle conoscenze tra i ricercatori a livello globale
  • Capacità di infrastruttura limitate per eseguire diversi flussi di lavoro computazionali

SOLUZIONE

phoenixNAPè personalizzato Hardware-as-a-Service soluzioni basate su CPU Intel Xeon Dual Gold 6258R, Intel NVMe (P4610) che utilizzano Intel VROC, Intel NIC e memoria persistente Intel Optane, espandendo la capacità di memoria (DRAM da 128 Gb + Intel PMem da 1536 GB); Prodotti switch Ethernet programmabili Intel® Tofino ™.

RISULTATI

  • Elaborazione dati veloce con Intel PMem rispetto alla RAM tradizionale
  • Piattaforma centralizzata per l'accesso e l'analisi dei dati globali
  • Database integrato per una ricerca più efficiente su scala globale
  • Infrastruttura ottimizzata per carichi di lavoro pesanti

"Vagliare i dati genetici alla ricerca di informazioni utili è fondamentale per aiutare a portare i trattamenti ai pazienti più velocemente e siamo entusiasti di lavorare con Intel che utilizza tecnologie come la memoria persistente per accelerare non solo il ritmo della scoperta, ma la nostra capacità di trovare risposte nei dati. TGen non vede l'ora di sfruttare la Intel Persistent Memory per accelerare le prestazioni del database genomico."

-James Lowey, CIO, TGen